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開山は約400年前、慶長11年（1606）宮津藩主京極高知により、杉の末「犬の堂」山上に菩提寺として建立されたのに始まり、その子高広が藩主となるに当り、現在地に移築した。高広は徳川秀忠公・家光公の供養に徳川御霊屋・宝筐印塔三基を建て、この寺が菩提寺となった。本庄家の御霊屋（市指定文化財）
宝暦9年（1759）本庄資昌公が藩主となった時、桂昌院（三代将軍家光の側室・五代将軍綱吉の御生母）の御生家が本庄家であったことから徳川将軍家とは姻戚関係にあたり、日光東照宮を小さくした御霊屋を造り、桂昌院の御位牌・御念仏・本庄家歴代城主の御位牌を祀る。内部は本庄家の家紋の「継ぎ九つ目」が打ち出されている。